El pasado 7 de agosto fue presentada ante la Corte de Cuentas de la República (CCR) una denuncia formal en la que se solicita realizar una auditoría específica a la administración del actual rector de la Universidad de El Salvador (UES), Juan Rosa Quintanilla Quintanilla, debido a presuntos manejos irregulares de fondos públicos.
De acuerdo con el documento presentado ante la entidad encargada de fiscalizar el uso de los recursos públicos, los señalamientos estarían relacionados con fondos que alcanzarían los $5.7 millones de dólares. La petición busca que la CCR examine el destino de dichos recursos y determine si existieron irregularidades administrativas o posibles responsabilidades legales.
La denuncia hace referencia a dictámenes aprobados por la Asamblea Legislativa relacionados con asignaciones y refuerzos presupuestarios destinados a la educación y, particularmente, a la Universidad de El Salvador.
Según el denunciante:
«A partir del 28 de octubre de 2023 hasta la fecha (Agosto 2026), cuando asume como Rector Juan Rosa Quintanilla Quintanilla, estos refuerzos presupuestarios que suman más de US15 millones de dólares no se han ejecutado de acuerdo a la Ley del Presupuesto, y esos fondos se han utilizado para otros fines como pago de viáticos y honorarios para turismo académico de los funcionarios favoritos del Rector y de la gestión, creación de nuevas plazas a familiares, amigos y simpatizantes de la gestión, aumentos salariales arbitrarios a sus principales allegados, que constituyen una autentica argolla de funcionarios cercanos al Rector, que ha copado los puestos de poder en la Universidad de El Salvador.
Incluso se da el caso de funcionarios que están ganando como Profesionales Universitarios 3, US$ 2304.20, sin tener título universitario, solo con título de bachiller»

Ante estos señalamientos, el denunciante pidió a la Corte de Cuentas que analice la documentación y determine si corresponde iniciar una auditoría.
«Nos dirigimos a la Honorable Corte de Cuentas de la Republica para que analice estos señalamientos y proceda. A su vez, en su defecto, si es necesario, certificar estos señalamientos para que mediante una auditoria específica, determine los fallos y la malversación de fondos por parte del Rector, para que proceda al respecto y pueda caer sobre el infractor o infractores el peso de la ley».
«También es de señalar que, contraviniendo los Artículos 2 y 3 de la Ley del Presupuesto del Dictamen 177 de la Asamblea Legislativa, del 17 de diciembre de 2025, el Rector ha estado contratando nuevas plazas en una cantidad casi ilimitada, y de forma arbitraria, sin concurso, así como realizando aumentos salariales a discreción, favoreciendo a sus aduladores, seguidores y funcionarios fieles».


