La Fiscalía General de la República presentó ante el Tribunal Sexto contra el Crimen Organizado una serie de cartas enviadas por la cúpula de la Mara Salvatrucha al fallecido expresidente Mauricio Funes. En estas misivas, los líderes criminales manifestaron de forma explícita su intención de continuar con las matanzas si no se registraban avances en los acuerdos establecidos con el gobierno. Estas pruebas confirman la comunicación directa que existió entre las pandillas y la administración del FMLN dirigida por Funes entre los años 2009 y 2014.
Durante la investigación, se corroboró que en el año 2012 se autorizó un pacto con las pandillas con el supuesto objetivo de reducir los asesinatos a cambio de beneficios. Sin embargo, los datos históricos reflejan que dicho periodo fue uno de los que registró mayor cantidad de personas desaparecidas en el país. Hasta el momento, el ministerio público ha fortalecido el caso mediante la presentación de testigos protegidos y peritos expertos en análisis de multimedia, informática y jerarquía criminal.
En la séptima jornada de la audiencia única, el tribunal procedió con la reproducción de 125 audios obtenidos a través de intervenciones telefónicas estratégicas. Con este material, la representación fiscal pretende ilustrar al juez sobre la metodología utilizada por los cabecillas para planificar y ordenar miles de crímenes en todo el territorio. Las grabaciones exponen cómo las órdenes emanaban de los corredores de alto rango hacia los integrantes de las 230 clicas que operan bajo la estructura de la pandilla.
Finalmente, la mística de la investigación judicial busca desarticular la red de mando de 32 programas que conformaban la estructura jerárquica superior de esta organización. El proceso continúa avanzando para establecer las responsabilidades de los 486 imputados en la ejecución de delitos que impactaron a la sociedad salvadoreña. La evidencia presentada hasta la fecha pone en relieve la estrecha relación entre el poder político de la época y el accionar de los grupos criminales.